1,第三方支付是作为商户与客户之间直接资金流动的中间者，而网银是直接客户与商户之间直接的资金流动。众所周知，通易付招商的出现值得很多人的关注，激起了整个市场的波澜。
2,第三方平台支付后可以撤回资金，而网银支付后则不能取消。
3,网银和第三方支付平台在本质上的区别是，网上银行，顾名思义，指通过信息网络开办业务的银行，指银行通过信息网络提供的金融服务，包括传统的银行业务以及因为信息网络而带来的新兴业务。而第三方支付平台则是一些与银行签约，并具有一定实力的第三方独立机构提供的交易支付平台。
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（一）第三方支付的优势。
1创新能力出众。第三方是网络在线支付创新的成果，因此对于第三方支付来讲，创新能力就是其最重要的竞争力。从业务创新以及技术创新的角度来看，第三方支付有着很大的成果，例如支付宝提出的一一点通业务，通过对第三方账号以及银行卡的绑定，客户只需要输入交易密码就能够对支付服务进行完成，这使得用户能够体验到更加顺畅的交易流程，而与第三方支付相比，网上银行的创新能力则显得较弱，甚至只是对第三方支付的模仿。
2贴近需求，注重用户体验。第三方支付能够将网银系统进行整合，而并具有稳定、安全的特点，因此可以说，第三方支付一方面具备网上银行安全的功能，另一方面还具有人性化的便捷服务。而以支付宝为代表的第三方支付已经不是只针对网络购物的需求，对于用户的全方位支付都能够有效的实现，这样的支付业务，已经涉及到了银行的业务范畴当中，但与银行相比，第三方支付对于用户的需求更加注重，提供的解决方案也具有更强的人性化。
（二）网上银行的优势。
1第三方支付必须依赖银行进行资金清算。我国的相关法律规定，第三方支付机构必须将备付金的账户放到托管银行当中，并将客户资金以及自由资金进行分开，防止客户资金被挪用。与此同时，支付机构不能够通过互相存放货币的形式来对资金进行清算。也就是说，第三方支付机构只能够对内部账户之间的资金进行清算，而一旦涉及到跨行清算，则必须要借助银行来进行资金划拨。
2银行具有更高的信用程度。作为专门从事金融服务的机构，银行的监管措施十分严格，与第三方支付来讲，银行具有更高的信誉以及更加雄厚的资金，与此同时，网上银行也比第三方支付的安全性能更高。因此，在第网上银行对用户体验方面的劣势进行改善之后，将会对第三方支付形成很大的冲击。